Foi fundada em 1834, com a chegada do capitão João de Amorim Pereira. Em 1836, chega o primeiro grupo de imigrantes - 132 imigrantes católicos do Reino da Sardenha - Itália, sob a liderança do italiano Carlos Demaria e do suíço Henrique Schutel, abrigaram-se na Colônia Nova Itália. O município é conhecido como pioneiro na imigração italiana.

São João Batista tornou-se município em Julho de 1958, quando emancipou-se de Tijucas. Colonizada por italianos e açorianos, teve a sua economia inicialmente baseada na agricultura, até surgirem as fábricas de calçados, que transformaram a cidade no maior polo calçadista no Estado. A economia da cidade baseia-se principalmente nas indústrias de calçado feminino, sendo considerado o terceiro polo industrial calçadista do Brasil. A história econômica da cidade está relacionada com os primeiros comércios do ano de 1889 e instalação de fábrica de calçados – a primeira datada em 1913.